La chiesa di San Pietro risulta elencata tra le dipendenze della pieve di Appiano Gentile già dal XIII secolo; nel XVI secolo era identificata come prepositurale. Nel 1747, durante la visita dell'arcivescovo Pozzobonelli nella pieve di Appiano Gentile, nella chiesa prepositurale dei Santi Pietro e Paolo si avevano le confraternite del Santissimo Sacramento, eretta il 7 dicembre 1642, e della Dottrina Cristiana. Entro i confini della parrocchia di Gerenzano esisteva, dagli inizi del 1500, l'oratorio di San Giacomo apostolo.
La parrocchia fu sede di vicariato foraneo dal 1791 al 1971. Il vicariato foraneo di Gerenzano cessò di esistere solo con la revisione della struttura territoriale della diocesi di Milano attuata nel 1971. Con la revisione della struttura territoriale attuata tra il 1971 e il 1972, è stata attribuita al decanato di Saronno nella zona pastorale IV di Rho.
La chiesa dei Ss. Pietro e Paolo è situata in Piazza De Gasperi, mentre la sede legale della Parrocchia è in Piazza XXV Aprile, 13.
